Beta-galaktosidazı inhibe eden bazı maddeler şunlardır: 1. Cu+2 ve metal iyon şelatörleri, örneğin 1,10-fenanthroline (phen) ve ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA). 2. NEM (N-ethylmaleimide), düşük konsantrasyonlarda bile enzimi tamamen inhibe eder. 3. PMSF (phenylmethylsulfonyl fluoride), PCMB (p-chloromercuribenzoic acid), DTT (dithiothreitol) ve β-ME (β-mercaptoethanol), yüksek konsantrasyonlarda aktiviteyi artırır, ancak düşük konsantrasyonlarda inhibisyona neden olabilir. Ayrıca, laktozsuz ortamda kültürlenen bazı bakteri türleri de beta-galaktosidaz aktivitesini inhibe edebilir.