"Altın Pusula" filmi, Katolik grupların fantastik senaryoyu din karşıtı ve ateizm yanlısı bulması nedeniyle tartışma yarattı. Ayrıca, filmde yer alan "Magisterium" adlı kurgusal kurumun, Katolik Kilisesi ile benzerlik kurulması ve içindeki ruhları yansıtan konuşan hayvanlar olan cinlerin tasvirleri de eleştiriye yol açtı. Bu nedenlerle, bazı dini gruplar filmin boykot edilmesini talep etti, ancak filmde Hristiyanlıkla ilgili belirli bir dil veya görüntü olmadığı belirtildi.