İstanbul'da TCDD tarafından işletilen üç tren hattı bulunmaktadır: 1. B11 Hattı: Gebze (Gebze) durağından başlayıp Adapazarı Tren Garı durağında sona eren, 90 km'lik alanı kapsayan ve 13 durağı olan hat. 2. B12 Hattı: İstanbul'dan Edirne'ye uzanan hat. 3. B13 Hattı: Halkalı (Küçükçekmece) durağından başlayıp Muratlı Tren İstasyonu durağında sona eren, 118 km'lik alanı kapsayan ve 10 durağı olan hat. Ayrıca, uluslararası tren seferleri de yapılmaktadır; bunlar arasında Sofya Ekspresi, Bosfor Ekspresi ve Optima Ekspres gibi hatlar bulunmaktadır.