Dark Sector hikayesi, Soğuk Savaş sonrası dönemde geçen ve Doğu Bloku ülkesi Lasria'da geçen bir üçüncü şahıs nişancı oyunudur. Oyunun ana karakteri, CIA'in ahlaki açıdan belirsiz "temizleme adamı" Hayden Tenno'dur (Michael Rosenbaum tarafından seslendirilmiştir). Oyunun hikayesi özetle şu şekildedir: 1. Görev: Hayden, Mezner'ın tuttuğu enfekte insanları kurtarmak ve virüsün yayılmasını önlemek için bir gulag kompleksine sızar. 2. Gelişme: Hayden, enfekte olmuş bir asker olan Viktor Sudek'i bulur ve onu infaz eder. 3. Çatışma: Hayden, telekinetik olarak RPG'yi kendisine geri fırlatan ve onu çatıdan düşüren bir insanoid olan Nemesis ile karşılaşır. 4. Son Savaş: Hayden, Mezner ile yüzleşir ve onu yenmek için bir şans teklif edilir, ancak Mezner'ın Technocyte yaratıklarını zihinsel olarak kontrol edebildiğini öğrenir. 5. Sonuç: Hayden, Mezner'ın CIA'in kendisine verdiği aynı güçlendiriciyi aldığını ve asıl amacının virüsü alan insanları hazırlamak olduğunu öğrenir.