Heybeliada Sanatoryumu'nun sahibi hakkında farklı bilgiler bulunmaktadır. Yugoslavya Göçmenleri: Bazı kaynaklara göre, sanatoryumun temeli, Yugoslavya'dan göç eden Türk vatandaşlarının malları ile atılmıştır. Cumhuriyet Hükümeti: Diğer bir görüşe göre, sanatoryumun kuruluşu, Mustafa Kemal Atatürk'ün talimatıyla, Cumhuriyet hükümeti tarafından gerçekleştirilmiştir. 2005 yılında kapatılan sanatoryum, 2018 yılında Diyanet İşleri Başkanlığı'na devredilmiş, ancak bu devir mahkeme kararıyla iptal edilmiştir.