Per-protocol population (PP population), yani protokol popülasyonu, genellikle bir çalışmayı büyük protokol sapmaları olmadan tamamlayan tüm hastalar olarak tanımlanır; yani, çalışmanın kurallarına tam olarak uyan hastalar. PP analizi, bir müdahalenin optimal koşullar altında ne kadar etkili olduğunu belirlemek için kullanılır. PP analizi, diğer analiz yöntemlerinden farklı olarak, yalnızca protokole sıkı sıkıya bağlı kalan katılımcıları içerir ve bu nedenle, uyumlu olmayan verilerin hariç tutulmasıyla tedavi etkisinin fazla tahmin edilmesine yol açabilir. PP popülasyonu, aynı zamanda "intention to treat (ITT) population" olarak bilinen, randomize edilen tüm hastaların yer aldığı popülasyonun daha küçük bir alt kümesidir.