Bağışıklık sisteminde yer alan başlıca organlar şunlardır: 1. Lenf Bezleri: Yutağın üst kısmında, burun boşluğunun arka tarafında bulunur ve bakteri ile virüsleri yakalar. 2. Bademcikler: Boğazda yer alır, lenfositlerin toplandığı ilk engeldir. 3. Timus: Göğsün üst bölümünde, tiroid bezinin altında bulunur, lenfositlerin olgunlaştığı organdır. 4. Lenf Düğümleri: Tüm vücuda yayılmış, B ve T hücrelerinin bulunduğu merkezlerdir. 5. Dalak: Karın boşluğunun sol üst tarafında yer alır, eski kırmızı kan hücrelerinin yıkımından sorumludur. 6. Peyer Plakları: İnce bağırsağın ileum bölgesinde bulunur, patojenlerin kontrol altında tutulmasını sağlar. 7. Kemik İliği: Bağışıklık sisteminin tüm hücrelerinin köken aldığı kök hücrelerin bulunduğu merkezdir. 8. Karaciğer: Fetüs döneminde immünolojik etkin hücreleri içerir.