Tapduk Emre'nin gerçek mezarının nerede olduğu konusunda farklı görüşler bulunmaktadır. Bazı kaynaklara göre Tapduk Emre'nin mezarı şu yerlerde bulunmaktadır: Aksaray, Tapduk Köyü; Manisa, Kula ilçesi, Emre Mahallesi; Nallıhan, Emrem Sultan köyü. Ayrıca, Osmanlı dönemi tapu tahrir ve vakıf defterlerine göre Tapduk Emre'nin Sakarya nehrine yakın bir yerde yaşadığı ve Nallıhan'da öldüğü belirtilmektedir. Tapduk Emre'nin tarihsel bir kişilik olup olmadığı ve mezarının kesin konumu konusunda kesin bir bilgi bulunmamaktadır.