Karantina 1 ve 2 aynı kavramı ifade etmez. Karantina terimi, genel olarak bulaşıcı bir hastalığa yakalanan şüpheli hâllerdeki insan ve hayvanların, hastalığın en uzun kuluçka devresine eşit bir zaman boyunca kimse ile temas ettirilmemesi için alınan tedbirleri ifade eder. Bitki karantinası ise, bitki, bitkisel ürün ve diğer maddelerin, ülkeye giriş ve çıkışında bitki sağlığı açısından tabi olacağı hususlara ilişkin usul ve esasları düzenleyen bir yönetmelik adıdır.