Mustafa Denizli'nin istifa etme nedenleri farklı dönemlerde değişiklik göstermiştir: 1. Kasımpaşa Teknik Direktörlüğü: 15 Mayıs 2019'da Mustafa Denizli, Kasımpaşa Teknik Direktörlüğü görevinden, ikinci devrede takımın planlandığı noktada olmaması ve olumsuz psikolojik ortam nedeniyle istifa etmiştir. 2. Galatasaray Teknik Direktörlüğü: 13 Şubat 2016'da, UEFA'dan gelen mektup, istenilen sonuçların alınamaması, transferlerin rafa kaldırılması ve Burak Yılmaz'ın gidişi gibi olaylar Denizli'nin psikolojisini bozmuş ve istifasını sunmasına yol açmıştır.