Black Desert Online'ın hikayesi, dört ana bölge olan Calpheon, Serendia, Balenos ve Mediah'ın Valencia ile olan çatışmaları etrafında döner. Olayların başlangıcı, Valencia'dan gelen tüccarların, Mediah'ın doğusunda yer alan ve ticareti kontrol eden bir bölgede kara ölüm olarak bilinen bir hastalığı yaymasıyla gerçekleşir. 30 yıl süren savaşın ardından ittifak, Valencia ile yeniden ticaret yapmaya başlar. Hikaye, bu çatışmaların yarattığı kaos ve kahramanların bu durumu sona erdirme çabaları üzerine kuruludur.