"Alcatraz" dizisi, 1963 yılında esrarengiz bir şekilde ortadan kaybolan bir hapishane personeli ve mahkumların hikayesini anlatıyor. Dizinin konusu şu şekilde özetlenebilir: - On Mart 21, 1963, Alcatraz Federal Cezaevi'nden 256 mahkum ve 46 gardiyan iz bırakmadan kaybolur. - Federal ajan Emerson Hauser, mahkumların gerçekten kaybolduğunu ve transfer edilmediğini keşfeder. - Günümüzde, "63'ler" (mahkumlar ve gardiyanlar) tek tek geri dönmeye başlar. - Hauser, bu geri dönüşleri araştırmak ve mahkumları yakalamak için bir hükümet birimi kurar. - Dedektif Rebecca Madsen ve Dr. Diego Soto, Hauser'in ekibine katılarak bu gizemli olayı çözmeye çalışırlar.