Gastroenteroloji bölümü, sindirim sistemi ve onunla ilişkili organların hastalıklarıyla ilgilenir. Bu hastalıklar arasında şunlar bulunur: Mide ve onikiparmak bağırsağı hastalıkları: mide ülserleri, gastrit, mide polipleri. Yemek borusu hastalıkları: reflü hastalığı, özofajit, Barrett özofagusu. Bağırsak hastalıkları: irritabl bağırsak sendromu, Crohn hastalığı, ülseratif kolit, divertikülit, bağırsak polipleri. Karaciğer hastalıkları: karaciğer sirozu, hepatit, karaciğer yağlanması, karaciğer kistleri ve tümörleri. Safra kesesi ve safra yolları hastalıkları: safra taşları, safra kesesi iltihapları, safra yolu tıkanıklıkları. Pankreas hastalıkları: pankreatit, pankreas tümörleri. Sindirim sistemi kanserleri: mide kanseri, bağırsak kanserleri, pankreas kanseri. Ayrıca, çölyak hastalığı ve laktoz intoleransı gibi malabsorpsiyon sendromları da gastroenterolojinin ilgilendiği hastalıklar arasındadır.