Gastroenteroloji doktoru, sindirim sistemi ile ilgili birçok hastalığın tanı ve tedavisini yapar. Bu hastalıklar arasında şunlar bulunur: Mide ve bağırsak hastalıkları: Mide ülseri, gastrit, reflü, ülseratif kolit, Crohn hastalığı, divertikülit, kabızlık, ishal, gaz ve şişkinlik. Karaciğer hastalıkları: Hepatit, siroz, karaciğer kanseri. Safra kesesi ve safra yolları hastalıkları: Safra kesesi taşı, safra yolu iltihabı, safra yolu kanseri. Pankreas hastalıkları: Pankreas iltihabı, pankreas kanseri. Alerjik ve enfeksiyöz hastalıklar: Gıda alerjileri, gluten intoleransı, bağırsak enfeksiyonları. Ayrıca, yemek borusu hastalıkları ve yemek borusu kanseri de gastroenterolojinin ilgilendiği alanlar arasındadır.