MSÜ sağlık komisyonu, "Türk Silahlı Kuvvetleri, Jandarma Genel Komutanlığı ve Sahil Güvenlik Komutanlığı Sağlık Yeteneği Yönetmeliği"ne göre çalışır. Süreç şu şekilde ilerler: 1. Sevk: Mülakatta başarılı olan adaylar, "MSÜ’de Askerî Öğrenci Olur" kararlı sağlık kurulu raporu almak amacıyla belirlenmiş hastanelere sevk edilir. 2. Tetkikler: Her adaya akciğer grafisi, direkt üriner sistem grafisi, kan testleri, ultrasonografi, EKG gibi tetkikler yapılır. 3. Değerlendirme: Adaylar, tam sağlam olma ve diskromatopsi (renk körlüğü) bulunmaması gibi kriterlere göre değerlendirilir. 4. Rapor: Sağlık komisyonu, yapılan değerlendirmeler sonucunda "Askerî Öğrenci Olur" veya "Askerî Öğrenci Olamaz" kararı verir. "Askerî Öğrenci Olamaz" raporu alan adayların, itiraz hakları vardır.