Amasya Müzesi'nde Geç Neolitik Erken Kalkolitik Çağ'dan itibaren Tunç Çağı, Hitit, Urartu, Frig, İskit, Pers, Helenistik, Roma, Bizans, Selçuklu ve Osmanlı Dönemlerine ait eserler bulunmaktadır. Bazı önemli eserler: Elmalı Mozaik: Roma Dönemine ait, üzerinde elma ağacı motifi bulunan ve Amasya'nın meşhur misket elmasının 1700 yıl önce de önemli olduğunu gösteren mozaik. Fırtına Tanrısı Teşup Heykelciği: Hitit Dönemine ait bronz heykelcik. Kayı Boyu Damgalı Pencere Kanatları: Osmanlı Dönemi'ne ait, Amasya'daki II. Bâyezid Camiinden getirilmiş pencere kanatları. Aktarla Lahiti: Antikçağ lahitlerinin genel özelliklerini sergileyen, krem renkli kireç taşından yapılmış lahit. Mumyalar: İlhanlı Dönemi'ne ait, Anadolu valisi Şehzade Cumudar, Amasya emiri İşbuga Noyan ve İzzettin Mehmet Pervane Bey'e ait mumyalar. Müzede ayrıca sikkeler, mühürler, el yazmaları ve etnografik eserler de sergilenmektedir.