Atik Valide Külliyesi, çeşitli nedenlerle kapatılmış ve farklı dönemlerde farklı işlevler görmüştür. 18. yüzyıl sonrası: İmaret ve darüşşifa, Nizâm-ı Cedîd, Sekbân-ı Cihâdiyye ve Asâkir-i Nizâmiyye askerlerinin kışlası, akıl hastanesi ve Tekel Yaprak Tütün Bakım Atölyesi olarak kullanılmıştır. 1977: Darüşşifa, Üsküdar İmam-Hatip Lisesi'ne devredilmiştir. Cumhuriyet dönemi: Darülhadis-dârülkurrâ grubu, Toptaşı Cezaevi olarak kullanılmıştır. 2004 yılından sonra külliyeyle ilgili çalışmaları yürüten ve restorasyon projesini hazırlayan Marmara Üniversitesi Güzel Sanatlar Fakültesi eski öğretim üyesi Z. Ayşe Kantarcıoğlu, yapılan restorasyonun yapının ruhunu öldürdüğünü ve 2863 sayılı Koruma Mevzuatı'na aykırı olduğunu belirtmiştir. Günümüzde Atik Valide Külliyesi, Üsküdar'da kendi adını taşıyan mahallede ziyaretçilerini ağırlamaktadır.