Atik Valide Külliyesi, çeşitli dönemlerde farklı nedenlerle kapatılmıştır: 1. Askeri Islâhat Teşebbüsleri: 1793 yılında Sultan III. Selim döneminde, Avrupaî usûllerle eğitilmesi düşünülen Nizâm-ı Cedîd ordusu için külliyenin imaret kısmı karargâh olarak kullanılmıştır. 2. Kışla ve Depo Olarak Kullanım: 1808'de Sekbân-ı Cedîd, 1826'da Asâkir-i Mansûre-i Muhammediye orduları tarafından kışla olarak kullanılmış, 1865'te ise külliyenin şifâhânesi karantina hastanesi olarak faaliyet görmüş ve askerî depo olarak kullanılmaya devam etmiştir. 3. Cüzzamlı Hastalar ve Tütün Bakım Atölyesi: 1935'te Bakırköy Akıl Hastanesi'nin açılışına kadar cüzzamlı hastalara hizmet vermiş, ardından 1976'ya kadar tütün bakım atölyesi olarak kullanılmıştır. 4. Cezaevi Olarak Kullanım: Dârülhadis ve dârülkurrâ kısımları Cumhuriyet döneminde Toptaşı Cezaevi olarak kullanılmıştır.