Kakaoda kafein bulunur, ancak miktarı çeşidine ve işlenme yöntemine göre değişiklik gösterir. Kakao çekirdeklerinde kafein oranı %0,1 ile %0,7 arasındadır. 50 gram çikolatada 10 ile 50 miligram arasında kafein bulunur. 28 gram bitter çikolatada yaklaşık 12 mg kafein bulunur. Kakao tozunda, sıcak çikolata yapımında kullanıldığında, bir fincan (240 ml) ortalama 5-10 mg kafein içerir. Kakao, özellikle kafein hassasiyeti olan bireylerde yan etkilere yol açabilir.