Dondurulan peynir bozulabilir, çünkü dondurma ve çözme süreci peynirin kalite kaybına ve mikrobiyal değişime uğramasına neden olabilir. Dondurulup çözdürülen peynirlerde görülebilecek bazı olumsuz değişiklikler: Dağılma ve ufalanma; Erime; Yumuşaklık; Renk, yapı, lezzet ve aroma kayıpları. Ayrıca, su-buz moleküllerinin aniden çözülmesi ve genişlemesi, bozulma sürecini tetikleyebilir. Ancak, her peynir aynı davranışı sergilemez: Sert ve yarı sert peynirler (çedar, gouda, kaşar gibi) dondurulup çözüldükten sonra lezzetlerinde büyük bir kayıp yaşanmaz. Yüksek yağlı peynirler, dondurma ve çözülme sürecine daha iyi adapte olur. Rendelenmiş veya parçalanmış peynirler, bütün olarak dondurulup çözülmeye kıyasla daha az dokusal bozulma yaşar. Peynirin derin dondurucuda ne kadar süre saklanabileceği, peynirin türüne, paketleme kalitesine ve dondurucunun sıcaklığına bağlıdır.
