En iyi pekmezin siyah mı yoksa sarı mı olduğu kişisel tercihlere ve sağlık ihtiyaçlarına bağlıdır. Siyah pekmez olarak keçiboynuzu (harnup) pekmezi öne çıkmaktadır. Sarı pekmez olarak üzüm pekmezi ve dut pekmezi örnek verilebilir. Üzüm pekmezi, zengin demir ve kalsiyum içeriği ile bilinir. Dut pekmezi, antioksidan açısından zengindir ve anemi, sindirim sorunları ve solunum hastalıklarına iyi gelebilir. Hangi pekmezin daha iyi olduğu, pekmezin yapımında kullanılan meyveye, üretim sürecine ve kişisel sağlık durumuna göre değişiklik gösterebilir.