MYS (Merkezi Yönetim Sistemi) aşağıdaki adımlarla çalışır: 1. Giriş: https://giris.hmb.gov.tr/login adresine MYS kullanıcı adı ve şifresi ile giriş yapılır. 2. Harcama Talimatı: Kısmi zamanlı öğrenci maaşları veya zorunlu staj SGK prim ödemeleri için harcama talimatı oluşturulur. 3. Bordro ve Belgeler: İlgili bordro, puantaj kayıtları, banka listesi veya tahakkuk fişleri ödeme emri belgesine eklenir. 4. Ödeme Emri Belgesi: Ödeme emri belgesi oluşturulur ve gerçekleştirme görevlisi ile harcama yetkilisi onayına sunulur. 5. Onay ve Kayıt: Onaylanan belge ve ekleri kaydedilir ve maaş dosyasına konulur. MYS'nin diğer işlevleri arasında tedarikçi yönetimi, denetim ve anket sistemleri, banka işlemleri, stok ve satış analizleri gibi modüller bulunur.