Geçirgen bağırsak sendromunun yol açabileceği bazı hastalıklar şunlardır: Otoimmün hastalıklar: Hashimato tiroiditi, romatoid artrit gibi bağışıklık sisteminin aşırı duyarlılığıyla oluşan tepkiler. Gıda intoleransları ve alerjiler: Özellikle gluten, laktoz ve kazein alerjileri. Sindirim sistemi rahatsızlıkları: İrritabl bağırsak sendromu (hassas bağırsak sendromu), ülseratif kolit, Crohn hastalığı. Diğer hastalıklar: Kronik yorgunluk sendromu, tip 1 diyabet, multipl skleroz, karaciğer yağlanması, otizm, fibromiyalji, migren, astım, depresyon, anksiyete. Geçirgen bağırsak sendromunun doğrudan kansere dönüşme riski olduğuna dair kesin bir kanıt bulunmamaktadır, ancak kronik inflamasyonun bazı kanser türleriyle ilişkili olabileceği düşünülmektedir. Doğru tanı ve tedavi için bir sağlık uzmanına başvurulması önerilir.