Gen terapisinin bazı yan etkileri şunlardır: 1. Bağışıklık Tepkisi: Vücudun bağışıklık sistemi, verilen yeni genleri yabancı madde olarak algılayıp saldırabilir, bu da iltihaplanma, toksisite ve organ yetmezliği gibi ciddi durumlara yol açabilir. 2. Viral Yayılma: Kullanılan virüs vektörleri, sadece hedef hücreleri değil, diğer hücreleri de etkileyerek sağlıklı hücrelerde kanser dahil başka hastalıklara neden olabilir. 3. Genom İstikrarsızlığı: Yeni genlerin yanlış bir noktaya yerleştirilmesi, tümör oluşumuna yol açabilir. 4. Genetik Değişiklikler: Tedavi sırasında üreme hücrelerini etkileyerek genetik değişikliklere ve bu değişikliklerin gelecek nesillere geçmesine neden olabilir. 5. Geçici Yan Etkiler: Enjeksiyon bölgesinde ağrı, yorgunluk, ateş ve karaciğer enzimlerinde artış gibi kısa süreli yan etkiler de görülebilir.