Musaigen no Phantom World, yakın bir gelecekte deneysel bir virüsün kaza sonucu yayılması sonucu dünyadaki her insanın beyin kimyasının değiştiği ve "fantomlar" olarak adlandırılan ekstra boyutsal varlıkları algılayabildiği bir salgını konu alır 12.

Bu salgından sonra doğan bazı çocuklar, fantomlara karşı savaşmalarına ve sızdırmalarına imkân tanıyan özel güçlere sahip olur 12. Fantomların büyük çoğunluğu zararsız olsa da, bu üstün yetenekli çocuklar insanlığa rahatsızlık verici ya da tehdit oluşturan fantomlarla uğraşmaya adamış kulüp ve örgütlere yerleştirilir 1.

Seri, fantomları mühürlemek için özel yetenekleri olan çocuklar için özel bir okul olan Hoseo Akademisi'nde Haruhiko Ichijō'nun ve arkadaşlarının Fantom Avı Kulübü'ndeki ve fantomlarla uğraşan gündelik hayatları ve mücadeleleri etrafında döner 12.