Musaigen no Phantom World, yakın bir gelecekte deneysel bir virüsün kaza sonucu yayılması sonucu dünyadaki her insanın beyin kimyasının değiştiği ve "fantomlar" olarak adlandırılan ekstra boyutsal varlıkları algılayabildiği bir salgını konu alır. Bu salgından sonra doğan bazı çocuklar, fantomlara karşı savaşmalarına ve sızdırmalarına imkân tanıyan özel güçlere sahip olur. Seri, fantomları mühürlemek için özel yetenekleri olan çocuklar için özel bir okul olan Hoseo Akademisi'nde Haruhiko Ichijō'nun ve arkadaşlarının Fantom Avı Kulübü'ndeki ve fantomlarla uğraşan gündelik hayatları ve mücadeleleri etrafında döner.