Tapuda iyi niyet karinesi, aşağıdaki hallerde kalkar: 1. Yolsuz tescilin bilinmesi veya bilinebilir olması: Tapu kütüğündeki sicile dayanarak mülkiyet veya ayni hak kazanan üçüncü kişinin, tescilin yolsuz olduğunu bilmesi veya bilebilecek durumda olması durumunda iyi niyet karinesi geçersiz olur. 2. Hukuki bir engelin varlığı: Kamulaştırılan yerlerde veya hukuki bir engelin bulunduğu durumlarda iyi niyet iddiası kabul edilmez. 3. Çifte tapu durumu: Aynı taşınmazın iki farklı tapu kaydının olması ve bu kayıtların her birinin ayrı ayrı taşınmaza uyması durumunda, ilk tapu kaydı tercih edilir ve ikinci tapu kaydına dayanarak iyi niyetle hak iktisabı söz konusu olamaz.