Defter Beyan Sistemi'nde geriye dönük işlem yapmak mümkündür, ancak bazı sınırlamalar vardır. Geriye dönük kayıtların düzeltilmesi için izlenebilecek yollardan bazıları: e-Beyanname Sistemi üzerinden: GİB portalına giriş yapılır, düzeltilecek beyan türü seçilir ve "Düzeltme" seçeneği ile form açılır. Defter Beyan Sistemi üzerinden: Sistem ana ekranından "Beyanname İşlemleri"ne girilir, hatalı beyan seçilerek "Düzelt" veya "Yeni Düzeltme" tıklanır ve form güncellenerek sistemde düzeltme olarak kaydedilir. Matbu form yoluyla: İnternet erişimi olmayan mükellefler için geçerlidir, GİB tarafından yayımlanan formlar elle doldurulur ve ilgili vergi dairesine teslim edilir. Vergi dairesine dilekçeyle başvuru: Hatalı beyanla ilgili açıklamaların yer aldığı bir dilekçe hazırlanır, beyanname çıktısı ve ek belgelerle vergi dairesi tarafından sistem üzerinde düzeltme işlemi tamamlanır. Zamanaşımı süresi geçmemiş olmalıdır, yani genellikle 5 yıl içinde geriye dönük düzeltme yapılabilir.