E-fatura özel entegrasyon, faturalama ihtiyaçları farklılık gösteren veya çok sayıda fatura düzenleyen mükelleflerin, kendilerine ait bilgi işlem alt yapıları yetersiz olduğunda teknik yeterliliğe sahip bir özel entegratörün bilgi işlem sistemi vasıtasıyla elektronik fatura alıp gönderebilmeleri anlamına gelir. Bu yöntemde, mükellefler özel entegratör ile sözleşme yaparak, özel entegratörün mali mührü ile onaylanan faturalarını alıcıya iletebilirler.