E-fatura ile e-arşiv fatura arasındaki temel farklar şunlardır: E-fatura: Sadece e-fatura mükellefi olan şirketler arasında kullanılır. Fatura, elektronik ortamda alıcısına iletilir ve kağıt çıktı alınamaz. UBL-TR formatı zorunludur. Gönderilen her fatura önce Gelir İdaresi Başkanlığı'na (GİB) iletilir. E-arşiv: E-fatura mükellefi olmayan firmalara ve son kullanıcılara gönderilir. Fatura hem elektronik ortamda hem de kağıt çıktı olarak iletilebilir. Format zorunluluğu yoktur, istenirse UBL-TR kullanılabilir. GİB'e yalnızca ay sonlarında bir rapor ile bilgi verilir. Ayrıca, e-arşiv fatura kullanabilmek için önceden e-fatura sistemine dahil olmak gerekmekteydi, ancak yapılan düzenlemelerle artık özel entegratörler aracılığıyla e-arşiv fatura kesilebilir.