E-Defterde çift fatura işlenmesi, belirli kurallara göre yapılabilir. Bu kurallar, e-Defter Uygulama Kılavuzu'nda belirtilmiştir. Çift fatura işleme yöntemleri: 1. Gruplandırma: En fazla 10'ar günlük muhasebe kayıt periyodunu dikkate alarak, aynı mahiyette olan faturaları (örneğin, mal ve hizmet satış faturaları) bir yevmiye maddesi içinde kaydedebilirsiniz. 2. Diğer Belge Tipi: Faturaların hepsini ayrı ayrı kaydetmek yerine, "other" belge tipini kullanarak ve belge açıklaması olarak "e-Arşiv fatura icmali" yazarak tek bir fiş ile konsolide olarak muhasebeleştirebilirsiniz. Ayrıca, e-Fatura kullanıcısı olan ve aynı zamanda e-Arşiv Fatura uygulamasına dahil olan firmalar, abonelik esasına göre fatura düzenlemesi halinde, birden fazla faturayı kapsayan yevmiye kaydı yapabilirler.