Zerreler kuramı, atom altı parçacıklar, atomlar ve molekülleri kapsayan bir kavramdır. Bu kuram, Kur'an'da geçen "zerre" teriminin üç farklı anlamı olduğunu belirtir: 1. Atom altı parçacıklar. 2. Atomlar. 3. Moleküller. Ayrıca, zerrelerin Yaratıcı tarafından bilindiğini ve kaydedildiğini, bunun da onların gelecekte kullanılacağına işaret ettiğini ifade eder. Zerreler kuramı, aynı zamanda nanoteknoloji ve kuantum fiziği alanlarında da ele alınır.