Mustafa Kutlu, eserlerinde geleneksel İslam düşüncesini ve Anadolu'nun köklü değerlerini modern yaşamla harmanlamayı amaçlar. Kutlu'nun eserlerinde öne çıkan bazı temalar: Arayış ve çatışma: Eserlerinde hep bir arayış ve çatışma öne çıkar. Kasaba hayatı: Kasaba, hem bir yaşam alanı hem de insanın kendi içine dönüp hesaplaşma yaptığı bir mekân olarak işlenir. Modernleşme eleştirisi: Modernizmin getirdiği hız, yabancılaşma ve bireysellik, kasaba hayatının dinginliği ve samimiyetiyle tezat oluşturur. Ahlaki duruş: Eserlerinde hep bir ahlaki duruş vardır; bu duruş, sert bir öğreticilik veya vaaz verir gibi bir üslup içermez, daha çok bir yol gösterme, insanın iç dünyasındaki karanlık noktalara bir ışık tutma çabasıdır. İyilik, güzellik, merhamet: Kutlu, iyilik, güzellik, merhamet peşinde bir öykü dünyası yaratırken, hakikati en duru, en yalın, en sade hâliyle öyküde görünür kılmaya çalışır. Kutlu, eserlerinde genellikle kaybolan değerlere ve kavramlara dikkat çeker; aile, vefa, sadakat gibi temalar işlenir.