Bakterilerde DNA, genellikle dairesel (halkasal) yapıda ve sitoplazmada bulunur. Arkelerde DNA ise dairesel yapıda olup, hücre sitoplazmasında yer alır. Her iki canlı türünde de DNA, çift zincirli ve helikal bir yapıya sahiptir. Bakteriler ve arkeler arasındaki bazı farklar: Peptidoglikan: Bakterilerde hücre duvarında peptidoglikan bulunurken, arkelerde sahte-peptidoglikan (pseudomurein) bulunur. Metabolik süreçler: Arkelerdeki metabolik süreçler, bakterilerden çok ökaryotlara benzemektedir. Hücre zarı bağları: Bakterilerin hücre zarında ester bağları, arkelerin hücre zarında ise eter bağları bulunur.