Mantarların mikroskop altındaki görünümü, türüne göre değişiklik gösterir: Dematofit enfeksiyonlarında: Tek tek veya bir arada bulunan, farklı uzunluklarda, ince ağaç dalları gibi kıvrıntılı ve dirseklenmeler yapan genellikle septalı hifler görülür. Pitriyazis versikolor’da: Yuvarlak veya oval, çift cidarlı sporlar ve septalarla ayrılmış, kıvrık ve dallanmış hifler gözlemlenir. Kandida enfeksiyonlarında: Oval veya yuvarlak, bazıları tomurcuklu hücreler ve septumlu miseller bulunur. Sporotrichosisde: Uzunca oval, puro biçiminde, maya benzeri ve bazıları tomurcuklu hücreler görülür. Aspergillosisde: Branşlı miselyumlar, konidiofor ve sporlar gözlemlenir. Blastomycosisde: Büyük, yuvarlak veya oval, çift cidarlı ve bazıları tomurcuklu hücreler görülür. Coccidioidomycosisde: Oval veya yuvarlak, çift cidarlı ve içleri granüllü sferulalar ve bunların bazılarından çıkmış endosporlar görülür. Cryptococcosisde: Kalın duvarlı ve kapsüllü, oval veya yuvarlak hücreler gözlemlenir. Mikroskop altında mantar yapılarını doğru bir şekilde tanımlayabilmek için deneyim gereklidir.