Işık ve elektron mikroskobu arasındaki temel farklar şunlardır: Aydınlatma kaynağı: Işık mikroskobu, örneği aydınlatmak için görünür ışık ışınlarını kullanırken, elektron mikroskobu elektronları (yüklü parçacık demeti) kullanır. Büyütme ve çözünürlük: Işık mikroskobu, yaklaşık 1000 kat büyütme ve 0,2 mikrometre çözme gücüne sahipken, elektron mikroskobu 10.000.000 kata kadar büyütme ve 0,5 nanometre çözme gücüne ulaşabilir. Görüntü: Işık mikroskobu ile canlı veya ölü organizmaların renkli ve doğal görüntüleri elde edilebilirken, elektron mikroskobu ile sadece ölü organizmaların renksiz (siyah-beyaz) ve 3D görüntüleri elde edilebilir. Numune hazırlığı: Elektron mikroskobunda numune, ışık mikroskobuna göre çok daha ince kesitler halinde hazırlanmalıdır. Fiyat ve boyut: Işık mikroskopları daha uygun fiyatlı ve taşınabilirken, elektron mikroskopları büyük ve pahalıdır.