Lizozomun mide gibi çalışmasının nedeni, içerisindeki hidrolitik enzimler sayesinde büyük molekülleri, hasarlı hücre bileşenlerini ve yabancı maddeleri parçalayarak sindirmesidir. Lizozom, hücre içi ve hücre dışı sindiriminde görev alır. Bu süreçte: Hücreye alınan büyük moleküller, lizozom içinde parçalanarak basit bileşenlere dönüştürülür. Yaşlanan veya hasar gören hücre bileşenleri sindirilerek geri dönüştürülür. Bağışıklık hücreleri, lizozomları kullanarak zararlı bakteri ve virüsleri yok eder. Dolayısıyla, lizozomun çalışma prensibi, midedeki sindirim süreciyle benzerlik gösterir.