Lizozom, çeşitli lizozomal depo hastalıklarında görev yapar. Bazı lizozomal depo hastalıkları şunlardır: Tay-Sachs Hastalığı: Lipidlerin parçalanamaması sonucu beyin hücrelerinde birikim olur. Gaucher Hastalığı: Yağ metabolizmasıyla ilgili maddelerin parçalanamaması durumudur. Pompe Hastalığı: Glikojen birikimi nedeniyle kasların zarar gördüğü bir hastalıktır.