Alternatif kompleman yolu, C3 proteininin karaciğer tarafından üretilip kandaki enzimlerle C3a ve C3b'ye ayrılmasıyla tetiklenir. Özellikleri: Antijen-antikor kompleksine gereksinim yoktur. Doğal bağışıklıkta etkilidir. Genellikle mantar, parazit ve bakteri hücre ürünleri, virüsle enfekte hücreler ve tümör hücreleri tarafından uyarılır. Aktivasyon süreci: 1. C3b, mikroorganizma yüzeyine yapışır. 2. Faktör B ve D, C3b'ye bağlanır. 3. Faktör B, Ba ve Bb'ye ayrılır. 4. Bb, C3b'ye bağlanarak C3bBb kompleksini oluşturur. 5. Bu kompleks, C3 konvertaz aktivitesine sahiptir ve daha fazla C3'ü yıkar. 6. Yeni oluşan C3b, C3bBb kompleksine bağlanarak C3bBb3b kompleksini oluşturur. 7. Bu kompleks, C5'i parçalayan ve membran atak kompleksinin aktivasyonunu başlatan C5 konvertaz olarak işlev görür. Sonuç olarak, hücre lizisi gerçekleşir.