Kök hücrenin en iyi kaynağı konusunda kesin bir görüş birliği yoktur, ancak farklı kaynaklar değerlendirilmektedir: 1. Embriyonik Kök Hücreler: Gelişimin erken aşamalarındaki embriyolardan elde edilir ve birçok farklı hücre tipine dönüşebilme potansiyeline sahiptir. 2. Yetişkin Kök Hücreler: Kemik iliği, yağ dokusu, göbek kordonu kanı gibi kaynaklardan alınır ve bulundukları dokunun hücre tiplerine farklılaşabilirler. 3. Mobilize Periferik Kan: Kök hücrelerin izole edilmesi kolay ve düşük riskli bir işlemdir, ancak nakil başarısı açısından kemik iliğinden elde edilen kök hücrelere göre daha az etkilidir. Her kaynağın kendine özgü avantajları ve dezavantajları bulunmaktadır.