Kök hücre tedavisi çeşitli hastalıkların tedavisinde kullanılmaktadır, bunlar arasında: Kanser türleri: Lösemi, lenfoma, testis kanseri gibi. Kan hastalıkları: Talasemi, orak hücreli anemi, aplastik anemi. Nörolojik hastalıklar: Parkinson, Alzheimer, multiple skleroz (MS). Ortopedik rahatsızlıklar: Eklem kıkırdağı zedelenmeleri, diz kireçlenmeleri, kaynamayan kırıklar. Kalp hastalıkları: Miyokard infarktüsü, kalp yetmezliği. Deri hastalıkları: Sedef hastalığı, skleroderma, yaygın yanıklar. Kök hücre tedavisi, her hastalık için uygun olmayabilir ve başarı oranları hastalığa ve hastanın durumuna göre değişebilir. Tedavi öncesi mutlaka bir uzman doktora danışılmalıdır.