Göbeklitepe'nin sırrı tam olarak çözülememiş olsa da, bazı teoriler ve bulgular mevcuttur: 1. İnanç Merkezi: Göbeklitepe'nin bir inanç merkezi olduğu ve ayin, ritüel ve ibadet amaçlı kullanıldığı düşünülmektedir. 2. Tarih Öncesi Yapı: 12.000 yıl öncesine dayanan yapısıyla Göbeklitepe, insanlığın tarımı keşfetmeden önce bile yerleşik hayata geçtiğini ve büyük yapılar inşa edebildiğini göstermektedir. 3. Gökyüzü Gözlemevi: Bazı araştırmacılar, Göbeklitepe'nin gök cisimlerini izlemek ve yıldızlara tapınmak için kullanılan bir astronomik gözlemevi olduğunu iddia etmektedir. 4. Gizemli Oyuklar: Kazılarda sıvı bulundurabilecek oyuklar bulunmuş, bu oyukların Şamanların transa geçmek için kullandıkları içecekler için kullanıldığı düşünülmektedir. Göbeklitepe'nin tam sırrı, yetersiz kaynaklar ve o dönemin insanlarıyla iletişim kurulamaması nedeniyle belki de tamamen çözülemeyecek gibi görünmektedir.