Metafizik ve bilim arasındaki ilişki, her ne kadar ilk bakışta birbirini dışlayan kavramlar gibi görünse de, felsefe tarihine baktığımızda oldukça karmaşıktır. Temel farklar şu şekilde özetlenebilir: - Bilim, doğa olaylarını gözlem ve deneylerle açıklamaya çalışırken, metafizik varlığın doğası, temel yapısı ve evrenin nihai gerçeklikleri hakkında sorular sorar. - Bilimsel yöntem, deneysel verilerle doğrulanabilen bilgi sunarken, metafizik daha soyut ve spekülatif sorularla ilgilenir. Modern dönemde ise bu iki alan arasındaki ilişki şu şekillerde kendini gösterir: - Bilimsel kavramlar üzerine metafizik incelemeler artmış ve bilimin metafiziği meşru bir felsefe dalı olarak kabul görmüştür. - Kuantum mekaniği ve görelilik teorisi gibi bilimsel teoriler, metafizik sorulara yeni perspektifler sunar. - Bergson gibi bazı düşünürler, metafizik ve bilimi ortak konular üzerine düşünmeye ve birbirlerine katkıda bulunmaya motive etmişlerdir.