Fagosite edilen madde, fagositoz sürecinde şu adımlarla sindirilir: 1. Yutma: Hedef partikül, fagositten uzanan yalancı ayaklar (psödopodlar) ile kuşatılır ve "fagozom" adı verilen bir vakuol içine alınır. 2. Sindirim: Fagozom, lizozom vakuolleriyle birleşerek "fagolizozom" oluşturur. 3. Enzimatik yıkım: Fagolizozom içindeki eritici enzimler, yutulmuş partikülleri sindirir. Sindirim iki şekilde gerçekleşir: Oksidatif yol: Oksijen radikalleri aracılığıyla etkisizleştirme. Non-oksidatif yol: Sitoplazma granüllerindeki kimyasal ürünlerin etkisiyle oluşan sindirme.