Fagositoz ve fagolizozom arasındaki fark şu şekildedir: Fagositoz, vücuda giren yabancı moleküllerin özel bağışıklık sistemi hücreleri tarafından yakalanarak yutulması sürecidir. Fagolizozom, fagositoz sırasında, fagosom (fagosite edilecek hücre veya molekülü içeren yapı) içinde hücre içine alınan hedef partiküllerin, lizozomlarla birleşerek oluşturduğu yapıdır. Özetle, fagositoz genel süreç iken, fagolizozom bu sürecin bir aşamasıdır.