Boya kalemleriyle boyanabilecek yüzeyler, boya kaleminin türüne göre değişiklik gösterir: Sulu boya kalemleri: Genellikle kağıt ve tuval gibi yüzeylerde kullanılır. Kuru boya kalemleri: Kağıt, tuval ve ahşap gibi yüzeylerde kullanılabilir. Keçeli ve damga boya kalemleri: Kağıt ve karton gibi pürüzsüz yüzeylerde kullanılır. Tam örtücü boya kalemleri: Metal, cam, plastik ve seramik gibi gözeneksiz yüzeylerde kullanılır. Yağ bazlı boya kalemleri, su bazlı olanlara göre daha dayanıklı olup, cam, seramik, metal, plastik ve kumaş gibi çeşitli yüzeylerde kullanılabilir.