Hamsterlar çeşitli hastalıklara yatkın olabilir, bunlar arasında: Solunum yolu problemleri: Soğuk hava veya stres nedeniyle burun akıntısı, hapşırma ve nefes alma zorluğu görülebilir. Diş sorunları: Hamsterların dişleri sürekli uzar, bu nedenle dişlerin aşınması için uygun yiyecekler ve çiğneme materyalleri sağlanmalıdır. Islak kuyruk hastalığı (Wet Tail): Bakteriyel bir enfeksiyon olup, ishal ve anüs çevresinde nem ile kendini gösterir. Tümörler ve kanserler: Özellikle yaşlı hamsterlarda iç veya dış tümörler görülebilir. Diyabet: İştah artışı, aşırı su içme ve kilo kaybı gibi belirtilerle ortaya çıkabilir. Deri kistleri: İyi huylu deri kistleri, hamsterlarda görülebilen rahatsızlıklar arasındadır. Sıcak çarpması: 27 dereceden yüksek sıcaklıklar hamsterlar için risk oluşturur. Parazitler: Dış (uyuz, akar, pire) ve iç (kurtlar, protozoalar) parazitler görülebilir. Hamsterlarda herhangi bir sağlık sorunu olduğundan şüphelenildiğinde bir veteriner hekime danışılması önerilir.