Bülent Yıldırım'ın geçirdiği kazalardan ikisi şu şekildedir: Katar'da geçirdiği trafik kazası. İHH çalışmaları kapsamında Katar'da bulunan heyet, ağır bir trafik kazası geçirdi. İHH Genel Başkanı Bülent Yıldırım yara almadan kurtulurken, araçta bulunan İzzet Şahin yaralandı. Kaza sonrası araç, kullanılamaz hale geldi. Boğaziçi Köprüsü'nde geçirdiği kaza. 27 Aralık 2010 günü, Bülent Yıldırım'ın otomobiline kumandalı çip yerleştirildiği, aracın 70 km. hızla giderken aniden kilitlendiği belirtildi. Tüm araştırmalara rağmen araçta hiçbir arıza tespit edilemedi. Araç ancak Gövde Kontrol ve Motor Kontrol Ünitesi'nin bütünüyle yenilenmesinin ardından çalıştırılabildi. İHH yetkilileri, Bülent Yıldırım'a suikast düzenlenmiş olabileceğini düşünüyor. Ayrıca, 19 Temmuz 2008 tarihinde, Bülent Yıldırım'ın beraberinde eşi, kardeşi ve halasıyla birlikte, annesinin ölüm yıl dönümü nedeniyle Kayseri'ye giderken, Kayseri'ye 80 km uzaklıkta Kızılağıl mevkinde otomobiliyle mucurda kayarak takla attığı ve bu kazayı da yara almadan atlattığı bilinmektedir.