Etlik Şehir Hastanesi'nde aşağıdaki bölümler bulunmaktadır: 1. Genel Hastane: Göz Hastalıkları, KBB, Genel Cerrahi, Nefroloji, Gastroenteroloji, Endokrinoloji, Dahiliye, Enfeksiyon Hastalıkları. 2. Nöro-Ortopedi Hastanesi: Ortopedi, Plastik Cerrahi, Dermatoloji, Beyin Cerrahisi, Nöroloji. 3. Göğüs ve Kalp Damar Hastanesi: Göğüs Hastalıkları, Göğüs Cerrahisi, Kardiyoloji, KVC ve İmmünoloji. 4. Çocuk Hastanesi: Hematoloji, Onkoloji, Çocuk Cerrahisi, Nöroloji, Nefroloji, Dermatoloji, Ortopedi, Beyin Cerrahisi. 5. Kadın Doğum Hastanesi: Obstetrik Jinekoloji, Perinatoloji, Ürejinekoloji, Üroloji, İç Hastalıkları, Kardiyoloji. 6. Onkoloji Hastanesi: Tıbbi Onkoloji, Hematoloji, Üroloji, Algoloji, Cerrahi Onkoloji. 7. Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Hastanesi: Rehabilitasyon alanları ve diğer ilgili bölümler. 8. Psikiyatri Kliniği: Ruh sağlığı ve hastalıkları.