Timsahlar iç döllenme yöntemiyle çiftleşir. Çiftleşme süreci şu şekilde gerçekleşir: 1. Erkek timsah, dişiyi ikna etmek için suda çeşitli davranışlar sergiler: yüz ovma, yüzme pozları ve boyun eğici hareketler. 2. Dişi kabul ettiğinde, hem suya gider hem de döllenme gerçekleşir. 3. Penis, kloakların hizalanmasından sonra kloakal septumla biten koni şeklindeki organa yerleştirilir ve bu işlem yaklaşık 15 dakika sürer. 4. Çiftleşmeden sonra erkek, diğer üreme eşlerini aramak üzere dişiyi terk eder. Timsahlar çok eşlidir, yani bir erkek mümkün olduğu kadar çok dişiyle çiftleşmeye çalışır.