Hidrosiklon, kum, silt ve kil gibi fiziksel partiküller ile kalsiyum karbonat, demir ve manganez gibi kimyasal maddeler nedeniyle tıkanabilir. Ayrıca, hidrosiklonun alt akış çıkış çapının çok küçük olması da tıkanmaya yol açabilir. Hidrosiklonun tıkanmasını önlemek için, su kaynağının kirliliğine göre uygun filtre seçimi yapılmalı ve düzenli olarak basınç ayarı ile temizlik işlemleri gerçekleştirilmelidir.